Куда внести родственника, если он имеет родственные отношения с двумя разными ветвями родни? Например, мой родственник женат на своей дальней родственнице. То есть, он в одном кусте сын, а в другом муж.

Например, если ваш родственник женат на дальней родственнице, то укажите его в обеих ветвях — как сына в одной и как мужа в другой. Программа автоматически обнаружит совпадения и предложит объединить их в одно дерево.